Penijõe mõis rajati 17. sajandi alguses. Kivist ühekorruseline härrastemaja valmis 18. sajandi alguses. 19. sajandil sai mõis klassitsistliku välimuse, kui lisandus puidust teine korrus ning fassaadi keskossa püstitati nelja sambaga kahe korruse kõrgune portikus.
1930. aastatel kuulus mõis Põllutööministeeriumile. 1935. aastal avati Penijõel põllu- töö ja karjakasvatajate kool. Pärast kooli sulgemist asus Penijõel Lihula sovhoosi keskus ja aastail 1958–1961 Matsalu Riikliku Looduskaitseala kontor. Hiljem ehitati maja ümber korteriteks.
1998. aastal kinkis Lihula vald Penijõe mõisa Keskkonnaministeeriumile, aastal 2000 hoone renoveeriti ning sellest sai Matsalu kaitseala keskus. Penijõe mõisas asuvad Keskkonnaameti, Keskkonnaagentuuri ja Riigimetsa Majandamise Keskuse (RMK) tööruumid. Keskkonnaagentuur koordineerib ka mõisas asuvat Rõngastuskeskuse tööd. Nimetatud asutuste töötajad tegelevad looduskaitsetööde korraldamise, teadustöö ja seire ning kaitsealade tutvustamisega. Mõisa teisel korrusel paikneb Matsalu rahvuspargi külastuskeskus, kus asub rahvuspargi loodusväärtusi tutvustav ekspositsioon. Keskuses on ka seminariruum ja õppeklass, kus keskkonnaamet ja RMK korraldavad koolidele loodusharidusprogramme. Penijõe mõisa kõrvalhoones asub ohustatud liikide taastuskeskus, mis tegeleb hävimisohus olevate taime- ja loomaliikide taasasustamisega meie loodusesse.
Matsalu rahvuspargi lõunapiiril, Penijõe mõisahoone II korrusel paiknev keskus pakub külalisele hea võimaluse tutvumiseks Matsalu rahvuspargi eripäraga: Euroopa suurimad looduslikud luhaniidud, roostik, Kasari alamjooksu kujunemine läbi aastakümnete, omanäolised rannaniidud, puisniidud ja puistud, rikkalik kultuuripärand.
Külastuskeskusest saab infot RMK külastusobjektide, Matsalu rahvuspargi ning piirkonna kaitsealade ja turismiettevõtjate kohta.
Keskusel on lai õppeprogrammide valik, mis pakub võimalusi nii iseseisvaks kui ka juhendatud tegevuseks, matkahuvilisi ootab külastuskeskuse juurest algav Penijõe matkarada. Külastuskeskuse parklas on ka
RMK matkatee Penijõe-Aegviidu-Kauksi haru alguspunkt.
Matsalu rahvuspargi külastuskeskuse lähedal asuv lõkkekoht, RMK matkatee Penijõe-Aegviidu-Kauksi haru alguspunkt. Lõkkekohast on hea startida ka Penijõe matkarajale. Kevadeti on ümbruskonnas palju linnulaulu, püsinaabriks on sealsamas pesitsev valge toonekure paar.
Penijõe matkarada on võimalik läbida neljal erineval moel, raja pikkuseks kujuneb kas 3,2 km (vaatetornini ja tagasi); 4,7 km, 5 km või 7 km (ringselt läbitavad rajad). Rada kulgeb osaliselt karjatatavatel aladel, enamuses pinnasetee ja on tähistatud puidust suunaviitadega. Rajale jääb ka roostiku servas asuv 8 m kõrgune vaatetorn.
8 meetri kõrgune Penijõe vaatetorn on avatud platvormiga, üleval tornis on istumiseks pingid. Tornist avaneb vaade Kasari jõe deltaharude vahel laiuvale 3000 hektari suurusele roostikule, mis on üks põnevamaid elupaiku Matsalu rahvuspargis. Kevadõhtuti huikab roostikus hüüp, laulavad kõrkja-roolinnud, roo-ritsiklinnud ja huigud, suvel peidavad siinsed elanikud end kuni 4m kõrguseks kasvanud roomüüri varju, märgata võib selle kohal liuglevat roo-loorkulli või merikotkast.
